Baboquivari là một trong những tiểu hành tinh gần Trái đất được đánh số thấp nhất vì nó đã được phát hiện vào ngày 16 tháng 10 năm 1963. Quan sát khám phá được thực hiện bởi Chương trình Tiểu hành tinh Indiana tại Đài quan sát Liên kết Goethe gần Brooklyn, Indiana, Hoa Kỳ. Ba tháng sau, nó trở thành một tiểu hành tinh bị mất cho đến tháng 6 năm 1976, khi nó được phục hồi bởi Kính viễn vọng Bok 90 inch của Đài quan sát Steward tại Đài quan sát quốc gia Kitt Peak nằm ở sa mạc Sonoran ở Arizona.